医院设有“清华大学临床神经科学研究院”和“脑神经疾病研究所”两个神经科学研究机构，主办国j级杂志《Translational Neuroscience and Clinics（英文）》。医院编制床位500张，拥有先进的层流手术室、MRI、CT、血管造影（DSA）、手术导航等。其中七台神经外科手术显微镜居北京市第二位；院内拥有一支技术精湛、医德高尚的人才队伍，有百余名主任医师和教授。
  秉承清华大学“医工结合”特有优势，医院继续突出临床神经科学特色，提高和强化在国内外医疗界的学术地位和创新力，并大力发展妇产科、心血管科、口腔科、医疗美容科、手外科、内科、外科等。积极打造清华大学医疗p牌，形成医疗、教学、科研于一体的“大专科、小综合”型的教学科研型医院，新建的医疗大楼已成为西长安街标志性的风景建筑。